手動バージョンアップを行ったらデータが消えてしまったのですが・・・
手動バージョンアップの手順のうち、「データのリストア（復旧）」と「データベースの再構築」を忘れていませんか？
手動バージョンアップは、基本的に以下の流れで行います。
１．データベースのデータのバックアップを取得
２．MilkyStepを再インストールしシステムファイルを更新（このときデータベースのデータはいったん消去されます）
３．データベースのデータをリストア（復旧）
４．データベース構造の再構築
詳細は取扱説明書をご覧ください。
※万が一バックアップファイルの取得を行わずにデータが復旧できなくなっても、弊社は責任を負いかねます。日ごろから定期的にバックアップを取得しておくことをお勧めします。