システムのファイル内容を書き換えてもいいですか？
いいえ、できません。
MilkyStepのシステムファイル一式は、著作権法で保護されている著作物ですので、いかなる理由があろうとも、ファイルの改変・スクリプトコードの改変はできません。
また、今後、特許申請を予定していますので、申請が受理された後にファイルの改変などを行うと、特許法違反も併科されます。
改変によりシステムが不具合をきたした場合は、システムの品質は保証されない上、開発者がこれを修正する義務はありません。
同時に、正常なバージョンアップもできなくなってしまいますのでご注意ください。
ただし、開発者（管理人）が緊急の不具合対処のために、改変を利用者に指示した場合は、その当該箇所のみ利用者が改変することができます。