初期設定時のcgiファイル名を設定する際、拡張子も変更できますか？
MilkyStepの仕様上は変更可能ですが、指定した拡張子のファイルを、ご利用のWEBサーバがCGIとして認識しなければなりません。
これはサーバごとに設定が異なるため一概には言えませんので、詳細はサーバ管理者までお問い合わせください。
ファイル名が「aaa」だけでもCGIとして動作するサーバもあれば、「aaa.cgi」や「aaa.pl」という名前でなければ動作しないサーバもあります。
一番簡単な方法は、インストールの前に、msディレクトリ内の「install.cgi」を試してみたい名前に変更し、そのファイルにアクセスします。
エラーになったり、ファイルの中身がそのまま表示されたりせずに、きちんと実行されればその拡張子はCGIとして利用可能です。